Những người trong xứ Dardilly, Ecully và nhất là gia đình ông Mátthêu không nhận được tin gì về Gioan thì đoán là cậu đã tử trận. Nhưng cha Balley, cha chánh xứ Ecully tin tưởng Chúa sẽ phù hộ và đưa Gioan về nhà bằng yên, để cậu làm linh mục, cứu nhiều linh hồn về với Chúa.

Ở trường Latinh, Gioan vất vả khổ cực một phần thì khi ở trường triết học, cậu phải xấu hổ khổ cực gấp mười lần. Trong hai năm, so với các sinh viên cùng trường, Gioan là người lớn tuổi nhất và cũng khờ khạo dốt nát nhất. Giáo sư dạy triết giảng và cắt nghĩa bằng tiếng Latinh, sách học cũng in bằng tiếng Latinh, sinh viên đọc bài và trả lời câu hỏi của giáo sư cũng bằng tiếng Latinh, không được nói tiếng Pháp.

Tháng 7 năm 1813, Gioan được vào trường thần học. Trong hai năm học, Gioan càng thăng tiến trong đàng nhân đức. Về đức khiêm nhường, vâng lời, giữ kỷ luật, đạo đức và các nhân đức khác thì cậu vượt xa các anh em bạn học, nhưng về sức học, dù không còn tối dạ như ngày trước, nhưng vẫn còn thua kém anh em xa lắm.

Những ngày tạ ơn sau khi cha Gioan chịu chức linh mục đã qua, đức giám mục bổ nhiệm cha về làm phụ tá cho cha Balley xứ Ecully. Cha Balley thấy Gioan là học trò mình đã thương yêu và dạy dỗ khó nhọc lâu năm được chịu chức linh mục, mà còn được về xứ Ecully giúp đỡ mình nữa thì cám ơn Chúa và Mẹ vô ngần. 

Cha Balley chưa già lắm, mới có sáu mươi chín tuổi nhưng bề ngoài thật lọm khọm, vì khi bé cha phải vất vả lao nhọc. Khi cha thụ phong linh mục năm hai mươi lăm tuổi, đi giúp xứ được mấy năm thì gặp cuộc cách mạng. Quân cách mạng bắt đạo dữ lắm, nhưng cha thương con chiên không nỡ bỏ họ mồ côi nên trong thời gian bắt đạo quyết liệt,

Cha Gioan đi nhận xứ Ars ngày 20 tháng 2 năm 1818. Khi gần đến nơi, từ xa làng Ars thấp thoáng những nóc nhà chen lẫn giữa những lùm cây, cha quì xuống bên đường mà xin Thiên Chúa thương đến đoàn chiên mà mình sắp chăn dắt. Làng Ars rất nhỏ, chỉ có khoảng hai trăm người. Phần lớn các gia đình chỉ đủ ăn mặc chứ không giầu có.

Cha Gioan đã giúp con chiên mình, trước đây khô khan tội lỗi, trở nên sốt sắng ngoan đạo hơn giáo dân các xứ khác là một việc rất khó, rất nặng nề. Cha đã phải khó nhọc nhiều năm và dùng nhiều cách thế mới làm được điều đó. Những đoạn sau đây sẽ cho thấy các việc cha làm cùng những cách thế cha đã sử dụng để khuyên nhủ con chiên sống sốt sắng đạo đức.

Cha Gioan là người rất nhân đức, luôn noi gương bắt chước Chúa Giêsu và theo lối các thánh đã hướng dẫn cách riêng cho những người được mệnh danh là Alter Christus. Cha biết rằng những nơi mà Giáo Hội phát triển với các địa phận có kỷ cương, các giáo xứ đạo đức sốt sắng hay có những vị thánh nổi tiếng từ xưa đến nay đều do lòng sốt sắng thờ phượng Chúa ngự trong Thánh Thể, năng rước lễ, năng chầu Thánh Thể và yêu mến Đức Trinh Nữ Maria.

Khi các linh mục sửa tính mê nết xấu của con chiên, các cha phải sống hiền lành nhân từ, hết dạ yêu thương họ. Các cha phải bắt chước người Samaritanô nhân hậu, lấy dầu là thứ êm dịu mà xức vào thương tích, đừng lấy giấm là thứ chua xót mà xức cho con chiên, nghĩa là đừng buồn giận gắt gỏng quở trách, đừng nóng tính, quạu cọ với ai, phải luôn hiền lành, nhân từ và nhường nhịn như cha Gioan.

Khi cha Gioan còn thanh niên đang học Latinh, ngài hãm mình bằng cách ăn cơm với muối, ăn nước canh chứ không ăn thịt cá hay các đồ ăn khác. Những năm cha giúp xứ Ecully, cha bắt chước cha Balley ăn chay, hãm mình, hành hạ thể xác, và khi làm chánh xứ Ars, cha càng ăn chay hãm mình hành xác hơn nữa.