Gioan đã mười hai tuổi mà vẫn chưa được rước lễ lần đầu vì lúc ấy nước Pháp đang xảy ra cuộc cách mạng, dân chúng náo loạn. Kitô giáo bị bách hại tan tác, những người cách mạng chém đầu vua và hoàng hậu, bắt bớ những kẻ quí tộc thuộc dòng dõi sang trọng và những ai không theo phe cách mạng. Hễ chúng bắt được người nào thì giết, bỏ tù hay lưu đày

Vào thời đó, đâu đâu người ta đều lấy nghề nông làm trọng và cần hơn các nghề khác, do đó người ta thường nói: "Dĩ canh nông vi bản". Ông Adong và bà Evà, khi bị đuổi ra khỏi vườn phải cày sâu cuốc bẫm để có miếng ăn và truyền nghề ấy lại cho con cháu. 

Khi cuộc cách mạng Pháp bùng nổ, Kitô giáo bị ngăn cấm cùng bách hại ba bốn năm liền. Nhiều người lành và những người chết vì đạo luôn kêu xin Chúa thương đến Giáo hội hiện đang bị kẻ dữ giết hại và phá bỏ mọi lề luật cùng các quy tắc. Thiên Chúa dùng một viên tướng tên là Bonaparte để tiêu diệt quân phá đạo cùng sửa sang mọi sự trong nước. Vị tướng ấy là một thiên tài về quân sự nên ông đánh đâu thắng đó.

Khi cha Balley về nhận giáo xứ Ecully thì xứ Dardilly cách đấy khoảng một giờ đi bộ, vì không có linh mục nên giáo dân đua nhau đi lễ, xưng tội ở xứ Ecully. Gia đình ông Mátthêu siêng năng đi lễ và xưng tội ở xứ Ecully, nhất là Gioan, cậu siêng đi lễ và chầu Mình Thánh, không phải chỉ Chủ Nhật và các ngày lễ trọng mà cả ngày thường nữa.

Về cách ăn nết ở, về cách làm việc trong nhà, ngoài đồng, Gioan khôn khéo cẩn thận không thua kém ai nhưng còn về việc học Latinh thì cậu tối dạ, kém trí hơn những người khác, do đó trong những năm học ở trường Latinh, Gioan chịu bao khổ sở cay đắng và xấu hổ nhục nhã lắm. 

Gioan vừa khỏi tối dạ, tâm trí mở mang học hành tấn tới theo kịp với chúng bạn thì vui mừng, nhưng chẳng được bao lâu, vì cậu vừa khỏi thập giá này, thì đã có thập giá khác. Luật nước Pháp miễn cho những người đang học làm linh mục khỏi đi lính, nhưng vua Napoleon rất kiêu ngạo, tham lam muốn chiếm cả Âu châu, bắt vua các nước khác phải thần phục mình nên đánh nhau luôn.

Những người trong xứ Dardilly, Ecully và nhất là gia đình ông Mátthêu không nhận được tin gì về Gioan thì đoán là cậu đã tử trận. Nhưng cha Balley, cha chánh xứ Ecully tin tưởng Chúa sẽ phù hộ và đưa Gioan về nhà bằng yên, để cậu làm linh mục, cứu nhiều linh hồn về với Chúa.

Ở trường Latinh, Gioan vất vả khổ cực một phần thì khi ở trường triết học, cậu phải xấu hổ khổ cực gấp mười lần. Trong hai năm, so với các sinh viên cùng trường, Gioan là người lớn tuổi nhất và cũng khờ khạo dốt nát nhất. Giáo sư dạy triết giảng và cắt nghĩa bằng tiếng Latinh, sách học cũng in bằng tiếng Latinh, sinh viên đọc bài và trả lời câu hỏi của giáo sư cũng bằng tiếng Latinh, không được nói tiếng Pháp.

Tháng 7 năm 1813, Gioan được vào trường thần học. Trong hai năm học, Gioan càng thăng tiến trong đàng nhân đức. Về đức khiêm nhường, vâng lời, giữ kỷ luật, đạo đức và các nhân đức khác thì cậu vượt xa các anh em bạn học, nhưng về sức học, dù không còn tối dạ như ngày trước, nhưng vẫn còn thua kém anh em xa lắm.

Những ngày tạ ơn sau khi cha Gioan chịu chức linh mục đã qua, đức giám mục bổ nhiệm cha về làm phụ tá cho cha Balley xứ Ecully. Cha Balley thấy Gioan là học trò mình đã thương yêu và dạy dỗ khó nhọc lâu năm được chịu chức linh mục, mà còn được về xứ Ecully giúp đỡ mình nữa thì cám ơn Chúa và Mẹ vô ngần.